Curso práctico de iniciación al uso de la supercomputación aplicado al análisis de datos RNAseq
6ª Edición
Dirección y coordinación académica
Supercomputación Castilla y León (SCAYLE), Oficina Técnica.
Objetivos
En este curso se proporcionará una formación básica para el manejo e interpretación de datos de expresión génica global procedentes de Next Generation Sequencing (RNA-Seq). Para ello, además de explicar las bases teóricas de la generación de los datos y del proceso de análisis, se pretende trabajar con datos reales de expresión génica en los que se realizará: el control de calidad, el alineamiento frente al genoma de referencia,
ensamblado, cuantificación y normalización de la expresión génica, análisis de expresión diferencial y análisis de enriquecimiento funcional.
Destinatarios
El curso está dirigido a investigadores interesados en estudios genómicos, a profesionales del sector de las Ciencias Computacionales, Biología y/o Biotecnología relacionados con el diagnóstico genético y a Alumnos Universitarios (titulaciones técnicas del ámbito experimental y/o económico) de posgrado y, en general, cualquier persona afín a la temática tanto en la dimensión de la investigación, como de la innovación y el
desarrollo.
Número de plazas 20
Reconocimiento de créditos ECTS por la Universidad de León
European Credit Transfer and Accumulation System (Sistema Europeo de Transferencia y Acumulación de Créditos) – ECTS: 1,8 creditos.
Asistencia mínima para obtención de certificado de aprovechamiento 80%.
Se realizará prueba de evaluación sobre los cocimientos adquiridos.
Fecha
Del 10 al 14 de julio de 2023
Duración 36 horas
Horario
Lunes a jueves de 09:00 a 14:00 y de 15:30 a 18:30 horas.
Viernes de 09:00 a 13:30 horas.
Lugar
Edificio CRAI – TIC, Campus de Vegazana, Universidad de León.
Idioma
Español.
Importe matrícula
450 €/curso.
Desempleados y alumnos ULe: 350€/curso.
Inscripción
A través de la páguina web de la Universidad de León. Pinchar aquí
Aroa Suárez Vega
Licenciada en Veterinaria por la Universidad de León (2009).
Experiencia
Profesor Ayudante Doctor en el área de Genética del Departamento de Producción Animal, Universidad de León.Investigadora postdoctoral en el Departamento de Animal Bioscience de la Universidad de Guelph, Canadá (2018-2019.
Investigadora pre y posdoctoral en el Dpto de Mejora Genética Animal en la Universidad de León (2010-2017).
Beatriz Gutiérrez Gil
Licenciada en Veterinaria por la Universidad de León (1999). Doctora por la Universidad de León (2004).
Experiencia
Formación predoctoral en el Grupo de Mejora Genética Animal (MEGA) del Dpto de Producción Animal de la Universidad de León (2000-2004). Formación postdoctoral en el Instituto Roslin (Edimburgo, Reino Unido) financiada por la Fundación Alfonso Martín Escudero (2004-2005) y el programa “Marie-Curie IntraEuropean fellowships” (2005-2007). Reincorporación al grupo MEGA como investigadora “Juan de la Cierva” (2008-2011) y posterior obtención de un contrato “Ramón y Cajal” (2013-2018). Profesora Titular de Universidad desde 2019.Co-autora de más de 60 publicaciones en el campo de la genómica animal aplicada al estudio de caracteres complejos de interés económico en ganado ovino de leche y vacuno de carne.
Cristina Esteban Blanco
Licenciada en Bioquímica por la Universidad de Oviedo (2012).
Experiencia
Investigadora postdoctoral en el laboratorio de genetica gastrointestinal en el Centro de Investigación Cooperativa en Biociencias, CIC bioGUNE (Actualidad).Investigadora pre y posdoctoral en el Dpto de Mejora Genética Animal en la Univesidad de León (2017-2021).
Técnico de proyecto en en Centro de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE) (2013-2017).
Juan Jose Arranz
La línea de investigación: uso de la genómica en la mejora genética animal.
Experiencia
Dirección de proyectos de investigación financiados por la Unión europea, el ministerio de ciencia e innovación y de la Junta de Castilla y León.Coautor de más de 100 publicaciones científicas y de proyectos de colaboración con el sector ganadero.
Pablo Augusto de Souza Fonseca
Máster en Genética en Genética con énfasis en Genómica y Bioinformática por la Universidade Federal de Minas Gerais (2013-2014).
Licenciado en Ciencias Biologicas por la Universidade Federal de Minas Gerais (2009-2013).
Experiencia
Investigador postdoctoral en el Centre for Genetic Improvement of Livestock (CGIL) - Universidad de Guelph (2018-2021), desarrollando estudios centrados en la identificación de regiones genómicas y vías metabólicas asociadas con fenotipos reproductivos y de producción en especies ganaderas.Investigador Postdoctoral en la Universidad de León (España) en el Departamento de Producción Animal (actualidad), actuando en el desarrollo de herramientas bioinformáticas y estadísticas para integrar datos del metiloma, transcriptoma y genoma para identificar biomarcadores potenciales asociados a fenotipos productivos, eficiencia alimentaria y resiliencia en ovejas lecheras.
Las sesiones tendrán lugar del 10 al 14 de julio de 2023. (Lunes a jueves de 9:00 a 14:00 y de 15:30 a 18:30 horas, viernes de 09:00 a 13:00 horas)
Día 1 (10 de julio de 2023)
Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación.
Inauguración del Curso.
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (20 minutos de descanso) |
| 09:10 – 11 :00 Introducción al entorno Linux – Cristina Esteban Blanco. • Acceso remoto a Caléndula • Carpetas y ficheros. 11:00 – 11:20 Pausa. 11:20 – 14:00 Introducción al entorno Linux (continuación) – Cristina Esteban Blanco. • Permisos. • Comandos básicos. 14:00 – 15:30 Descanso para la comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:30 |
| 15:30 – 18:30 Introducción al entorno Linux (continuación) – Cristina Esteban Blanco. • Prácticas sobre Caléndula. |
Día 2 (11 de julio de 2023)
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 – 11:15 NGS y RNAseq – Juan José Arranz Santos. 11:15 – 11:45 Pausa. 11:45 – 14:00 Control de calidad y Trimming (FAstQC, otras herramientas Trimmomatic, etcF.). Juan José Arranz Santos. 14:00 – 15:30 Descanso para la comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:30 |
| 15:30 – 18:30 Alineamiento de lecturas (Star) y visualización (IGV). Beatriz Gutiérrez Gil. |
Día 3 (12 de julio de 2023)
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 – 11:15 Manipulación de secuencias (SamTools). Beatriz Gutiérrez Gil. 11:15 – 11 :45 Pausa. 11:45 – 14:00 Transcript assembly (Stringtie). Aroa Suárez Vega. 14:00 – 15:30 Descanso para la comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:30 |
| 15:30 – 18:30 Cuantificación de lecturas (RSEM y HTSeq). Aroa Suárez Vega. |
Día 4 (13 de julio de 2023)
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 – 11:15 Introducción a R y Bioconductor. Toma de contacto. HéctorMarina García. 11:15 – 11:45 Pausa. 11 :45 – 14:00 Análisis de expresión diferencial de RNAseq. Introducción. Aroa Suárez Vega. 14:00 – 15:30 Descanso para la comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 17:30 |
| 15:30 – 18:30 Análisis de expresión diferencial de RNAseq. Aroa Suárez Vega. |
Día 5 (14 de julio de 2023)
| Sesión 1/ 09:00 – 13:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 – 09:55 Introducción a las anotaciones funcionales. Juan José Gutiérrez González. 09:55 – 10:50 Bases de datos y ontologías para anotación funcional (KEGG, GO, INTERPRO). Juan José Gutiérrez González. 10:50 – 11 :05 Pausa. 11 :05 – 12:00 Análisis de enriquecimiento funcional. Juan José Gutiérrez González. 12:00 – 12:55 Redes funcionales. Juan José Gutiérrez González. 12:55 – 13:00 Clausura del curso. 13:00 Visita alSuperordenadorCaléndula (voluntario) -Ruth Alonso Martínez. |
