Curso Análisis genómico en plantas silvestres utilizando RADSeq: de los datos en bruto al archivo VCF.
Dirección y coordinación académica
Supercomputación Castilla y León (SCAYLE), Oficina Técnica.
Objetivos
Este curso tiene como objetivo principal capacitar a los participantes en el uso de herramientas bioinformáticas para el procesamiento, análisis y visualización de datos obtenidos mediante la técnica RADSeq (Restriction site Associated DNA Sequencing). A lo largo de cinco jornadas, se abordará desde la introducción al entorno de trabajo (Linux y R) y el uso del centro de supercomputación SCAYLE, hasta el preprocesamiento de datos, la ejecución del workflow completo en Stacks 2, y la interpretación de resultados poblacionales a partir de archivos VCF. El curso combinará sesiones teóricas y prácticas intensivas que permitirán a los asistentes adquirir habilidades para aplicar flujos de trabajo reproducibles en el análisis de datos genómicos.
Destinatarios
El curso está dirigido a investigadores interesados en estudios genómicos, a profesionales del sector de las Ciencias Computacionales, Biología y/o Biotecnología relacionados con el diagnóstico genético y a Alumnos Universitarios (titulaciones técnicas del ámbito experimental y/o económico) de posgrado y técnicos de laboratorio interesados en el análisis genómico de poblaciones naturales, con énfasis en plantas silvestres, y en general, cualquier persona afín a la temática tanto en la dimensión de la investigación, como de la innovación y el desarrollo.
Número de plazas 20
Fecha
29 de septiembre al 3 de octubre de 2025.
Duración 36 horas
Horario
• Lunes a jueves de 09:00 a 14:00 y de 15:00 a 18:00 horas.
• Viernes de 09:00 a 13:15 horas.
Lugar
Edificio CRAI – TIC, Campus de Vegazana, Universidad de León.
Idioma
Español.
Importe matrícula
Matrícula de 225€. Coste completo del curso de 450€, al que se le ha aplicado un descuento del 50% gracias a la a la Cofinanciación al 50% de la Unión Europea y el Ministerio de Industria, Comercio y Turismo y la Fundación EOI del Gobierno de España, en el marco del Mecanismo de Recuperación y Resiliencia financiado por los fondos Next Generación de la Unión Europea. No obstante, los puntos de vista y las opiniones expresadas son únicamente los del autor o autores y no reflejan necesariamente las de la Unión Europea, el Ministerio de Industria, Comercio y Turismo o la Fundación EOI. Ni la Unión Europea ni la autoridad que concede la subvención pueden ser considerados responsables de los mismos.
Nº de cuenta: ES82 2103 4292 8600 3351 0978.
Tras la finalización del curso, SCAYLE ofrece acceso gratuito a recursos HPC a los inscritos durante el mes siguiente a la finalización del mismo, gracias a la financiación del Proyecto DIGIS3, vinculado a la cumplimentación y firma de la documentación completa asociada a los test DMA (Digital Maturity Assessment). Quedan exentas las entidades asociadas al DIGIS3.
Inscripción
El plazo de Inscripción finalizará una semana antes del comienzo del curso.
Una vez realizada la inscripción, el alumno dispone de un plazo de 7 días para realizar el ingreso de la cuota del curso y formalizar la matricula, en caso contrario la reserva será anulada.
La adjudicación de las plazas será por riguroso orden de formalización de la matrícula.
Cristina Esteban Blanco
Licenciada en Bioquímica por la Universidad de Oviedo (2012).
Experiencia
Investigadora postdoctoral en el laboratorio de genetica gastrointestinal en el Centro de Investigación Cooperativa en Biociencias, CIC bioGUNE (Actualidad).Investigadora pre y posdoctoral en el Dpto de Mejora Genética Animal en la Univesidad de León (2017-2021).
Técnico de proyecto en en Centro de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE) (2013-2017).
Juan Manuel Gorospe
Las sesiones tendrán lugar del 29 de septiembre al 3 de octubre de 2025. (Lunes a jueves de 09:00 a 14:00 y de 15:00 a 18:00 horas, viernes de 09:00 a 13:15 horas)
29 de septiembre de 2025 – Introducción al entorno y preparación de datos. Cristina Esteban Blanco.
Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación.
Inauguración del Curso.
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 Recepción de participantes y entrega de documentación. 09:00 – 09:30 Inauguración del curso y presentación de objetivos. 09:30 – 10:30 Introducción al entorno Linux (comandos básicos, estructura de ficheros). 11:00 – 11:30 Pausa. 11:30 – 13:30 Uso del Centro de Procesamiento de Datos de SCAYLE: acceso remoto, gestión de cuentas y colas de trabajo. 13:30 – 14:00 Introducción a R y primeros pasos en el análisis de datos (sintaxis básica, importación de tablas). 14:00 – 15:00 Pausa comida. |
| Sesión 2/ 15:00 – 18:00 |
| 15:00 – 18:00 Prácticas en Caléndula: combinación de comandos Linux con scripts en R para visualizar datos de ejemplo. |
30 de septiembre de 2025 – Preprocesamiento de datos RADseq. Juan Manuel Gorospe.
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 – 10:30 Fundamentos de datos RADseq: diseño experimental y formatos de archivo. 10:30 – 11:00 Pausa. 11:00 – 12:30 Preprocesamiento: demultiplexado, recorte de adaptadores y control de calidad con herramientas como FastQC y Trimmomatic. 12:30 – 14:00 Submuestreo de lecturas y estrategias para optimizar tiempo de cómputo. 14:00 – 15:00 Pausa comida. |
| Sesión 2/ 15:00 – 18:00 |
| 15:00 – 18:00 Introducción al flujo de trabajo principal en Stacks 2: ustacks, cstacks, sstacks y gstacks. |
1 de octubre de 2025 – Workflow completo en Stacks 2. Juan Manuel Gorospe.
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 – 10:30 Flujos de trabajo en Stacks 2 con y sin referencia: ref_map y denovo_map. 10:30 – 11:00 Pausa. 10:50 – 12:30 Ejecución práctica del flujo de trabajo en Stacks 2. 12:30 – 14:00 Optimización de parámetros en Stacks 2: pruebas de m, M y n para maximizar loci informativos. 14:00 – 15:00 Pausa comida. |
| Sesión 2/ 15:00 – 18:00 |
| 15:00 – 18:00 Uso del módulo “populations” de Stacks 2: cálculo de estadísticas estándar en genética de poblaciones y formatos de datos de salida. |
2 de octubre de 2025 – Del archivo VCF a los análisis preliminares. Juan Manuel Gorospe. Juan Manuel Gorospe.
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 – 10:30 Introducción al formato VCF: estructura de registros y campos principales. 10:30 – 11:00 Pausa. 11:00 – 12:30 Cálculo de estadísticas de calidad de datos (depth, MAF, missingness), visualización en R y filtrado de variantes. 12:30 – 14:00 Generación del archivo VCF final y otros formatos de datos (fasta, structure, PLINK, Genepop). 14:00 – 15:00 Pausa comida. |
| Sesión 2/ 15:00 – 18:00 |
| 15:00 – 18:00 Análisis preliminares: redes de NeighborNet (SplitsTree), SVDquartets y Structure. |
3 de octubre de 2025 – Evaluación de resultados y conclusiones. Juan Manuel Gorospe.
| Sesión 1/ 09:00 – 13:15 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 – 10:30 Cálculo de estadísticas finales, PCA y clustering. 10:30 – 10:50 Pausa. 10:50 – 12:30 Interpretación de resultados de Structure y SVDquartets: gráficos y extracción de conclusiones. 12:30 – 13:00 Mesa redonda y discusión de casos de estudio en plantas silvestres. 13:00 – 13:15 Clausura del curso y entrega de certificados. |
