Curso de Bioinformática para el Ensamblaje y Anotación de Genomas de Plantas.
Dirección y coordinación académica
Supercomputación Castilla y León (SCAYLE), Oficina Técnica.
Objetivos
Este curso tiene como objetivo capacitar a los participantes en el uso de herramientas bioinformáticas clave para el ensamblaje y la anotación de genomas vegetales. A través de un enfoque práctico, se abordará el manejo de datos de secuenciación (lecturas cortas y largas), el uso de infraestructuras de supercomputación, y la aplicación de metodologías actuales para obtener ensamblajes de alta calidad y realizar anotaciones funcionales precisas. El contenido está orientado a su aplicación en proyectos de investigación relacionados con la mejora genética, la conservación y el análisis de la diversidad en especies vegetales.
Destinatarios
El curso está dirigido a investigadores interesados en estudios genómicos, a profesionales del sector de las Ciencias Computacionales, Biología y/o Biotecnología relacionados con el diagnóstico genético y a Alumnos Universitarios (titulaciones técnicas del ámbito experimental y/o económico) de posgrado y técnicos de laboratorio interesados en el análisis genómico de poblaciones naturales, con énfasis en plantas silvestres, y en general, cualquier persona afín a la temática tanto en la dimensión de la investigación, como de la innovación y el desarrollo.
Número de plazas 20
Fecha
22 al 26 de septiembre de 2025.
Duración 37`5 horas
Horario
• Lunes a jueves de 08:30 a 14:00 y de 15:30 a 18:00 horas.
• Viernes de 08:30 a 14:15 horas.
Lugar
Edificio CRAI – TIC, Campus de Vegazana, Universidad de León.
Idioma
Español.
Importe matrícula
Matrícula de 225€. Coste completo del curso de 450€, al que se le ha aplicado un descuento del 50% gracias a la a la Cofinanciación al 50% de la Unión Europea y el Ministerio de Industria, Comercio y Turismo y la Fundación EOI del Gobierno de España, en el marco del Mecanismo de Recuperación y Resiliencia financiado por los fondos Next Generación de la Unión Europea. No obstante, los puntos de vista y las opiniones expresadas son únicamente los del autor o autores y no reflejan necesariamente las de la Unión Europea, el Ministerio de Industria, Comercio y Turismo o la Fundación EOI. Ni la Unión Europea ni la autoridad que concede la subvención pueden ser considerados responsables de los mismos.
Nº de cuenta: ES82 2103 4292 8600 3351 0978.
Tras la finalización del curso, SCAYLE ofrece acceso gratuito a recursos HPC a los inscritos durante el mes siguiente a la finalización del mismo, gracias a la financiación del Proyecto DIGIS3, vinculado a la cumplimentación y firma de la documentación completa asociada a los test DMA (Digital Maturity Assessment). Quedan exentas las entidades asociadas al DIGIS3.
Inscripción
El plazo de Inscripción finalizará una semana antes del comienzo del curso.
Una vez realizada la inscripción, el alumno dispone de un plazo de 7 días para realizar el ingreso de la cuota del curso y formalizar la matricula, en caso contrario la reserva será anulada.
La adjudicación de las plazas será por riguroso orden de formalización de la matrícula.
Cristina Esteban Blanco
Licenciada en Bioquímica por la Universidad de Oviedo (2012).
Experiencia
Investigadora postdoctoral en el laboratorio de genetica gastrointestinal en el Centro de Investigación Cooperativa en Biociencias, CIC bioGUNE (Actualidad).Investigadora pre y posdoctoral en el Dpto de Mejora Genética Animal en la Univesidad de León (2017-2021).
Técnico de proyecto en en Centro de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE) (2013-2017).
Rocío Bautista Moreno
Luis Díaz Martínez
Las sesiones tendrán lugar del 29 de septiembre al 3 de octubre de 2025. (Lunes a jueves de 09:00 a 14:00 y de 15:00 a 18:00 horas, viernes de 09:00 a 13:15 horas)
22 de septiembre – Seminario de Introducción al uso de la supercomputación aplicado a la Bioinformática. Cristina Esteban Blanco.
Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación.
Inauguración del Curso.
| Sesión 1/ 08:30 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 08:30 – 10:00 Introducción al entorno Linux.
Acceso remoto a Caléndula.
Carpetas y ficheros. 11:00 – 11:20 Pausa. 11:20 – 14:00 Introducción al entorno Linux (continuación). Permisos. Comandos básicos. 14:00 – 15:30 Pausa comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:00 |
| 15:30 – 18:00 Introducción al entorno Linux (continuación). Prácticas sobre Caléndula. |
23 de septiembre – Secuenciación de los genomas.
| Sesión 1/ 08:30 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 08:30 – 10:30 Control de calidad de las secuencias. 10:30 – 11:00 Pausa. 11:00-14:00 Inspección de la calidad de las lecturas. 14:00-15:30 Pausa comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:00 |
| 15:30-18:00 Introducción al ensamblaje de secuencias genómicas. |
24 de septiembre – Ensamblaje de genomas a partir de lecturas cortas.
| Sesión 1/ 08:30 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 08:30 – 10:30 Herramientas para el ensamblaje de genomas de plantas a partir de lecturas cortas. 10:30 – 11:00 Pausa. 11:30-14:00 Herramientas para el ensamblaje de genomas de plantas a partir de lecturas cortas (continuación). 14:00-15:30 Pausa comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:00 |
| 15:30-18:00 Evaluación de los resultados de ensamblaje. |
25 de septiembre – Ensamblaje de genomas largas y ensamblaje híbrido.
| Sesión 1/ 08:30 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 08:30 – 10:30 Herramientas para el ensamblaje de genomas de plantas a partir de lecturas largas, ensamblaje híbrido. 10:30-11:00 Pausa. 11:00-14:00 Herramientas para el ensamblaje de genomas de plantas a partir de lecturas largas, ensamblaje híbrido (continuación). 14:00-15:30 Pausa comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:00 |
| 15:30-18:00 Evaluación de los resultados de ensamblaje. |
26 de septiembre – Anotación descriptiva y funcional del ensamblaje.
| Sesión 1/ 08:30 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 08:30 – 10:30 Predicción de genes y búsqueda de homologías.
Asignación funcional.
Consideraciones finales y preguntas. 10:30 – 11:00 Pausa. 11:30-14:00 Predicción de genes y búsqueda de homologías (continuación). 14:00-14:15 Clausura del curso. |
