Curso diseño experimental y análisis metagenómico utilizando supercomputación
2ª Edición

Información
Profesorado
Contenido

Dirección y coordinación académica 

Supercomputación Castilla y León (SCAYLE), Oficina Técnica.

Objetivos

Este curso está destinado a profundizar en los métodos de análisis metagenómico para sacar todo el partido posible de las secuencias.
La primera parte está enfocada en métodos de ensamblaje híbridos, combinando diferentes tipos de secuencias, especialmente secuencias largas y cortas. En a segunda parte se trabajará en profundidad con los resultados de binning, para
poder recuperar con gran precisión genomas muy completos a partir del metagenoma. Se enseña como depurar los bins, como completarlos, y como combinar resultados de diferentes métodos.
La tercera y última parte se centra en el análisis estadístico de los resultados, usando R para obtener asociaciones entre abundancias de taxones/genes/rutas metabólicas y tipos de muestra, por ejemplo condiciones ambientales o parámetros clínicos.

Destinatarios

El curso está dirigido a investigadores interesados en estudios genómicos, a profesionales del sector de las Ciencias Computacionales, Biología y/o Biotecnología relacionados con el diagnóstico genético y a Alumnos Universitarios (titulaciones
técnicas del ámbito experimental y/o económico) de posgrado y, en general, cualquier persona afín a la temática tanto en la dimensión de la investigación, como de la innovación y el desarrollo.

Número de plazas 20

Reconocimiento de créditos ECTS por la Universidad de León

European Credit Transfer and Accumulation System (Sistema Europeo de Transferencia y Acumulación de Créditos) – ECTS: 1,8 creditos.

Asistencia mínima para obtención de certificado de aprovechamiento 80%.

Se realizará prueba de evaluación sobre los cocimientos adquiridos.

Fecha

Del 14 al 18 de noviembre de 2022

Horario

Duración 36 horas

Lunes a jueves de 09:00 a 14:00 y de 15:30 a 18:30 horas.
Viernes de 09:00 a 13:00 horas.

Lugar

Edificio CRAI – TIC, Campus de Vegazana, Universidad de León.

Idioma

Español.

Importe matrícula

500 €/curso.
Nº de cuenta: ES82 2103 4292 8600 3351 0978. 

Inscripción

El plazo de Inscripción finalizará una semana antes del comienzo del curso.

Una vez realizada la inscripción, el alumno dispone de un plazo de 7 días para realizar el ingreso de la cuota del curso y formalizar la matricula, en caso contrario la reserva será anulada.

La adjudicación de las plazas será por riguroso orden de formalización de la matrícula.

 

Cristina Esteban Blanco

Doctora en Ciencias veterinarias y de los alimentos por la Universidad de León (2020).

Licenciada en Bioquímica por la Universidad de Oviedo (2012).

Experiencia

Investigadora postdoctoral en el laboratorio de genetica gastrointestinal en el Centro de Investigación Cooperativa en Biociencias, CIC bioGUNE (Actualidad).

Investigadora pre y posdoctoral en el Dpto de Mejora Genética Animal en la Univesidad de León (2017-2021).

Técnico de proyecto en en Centro de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE) (2013-2017).

Fernando Puente Sánchez

Doctor en Microbiología por la Universidad Autónoma de Madrid (2016).

Licenciado en Biotecnología por la Universidad de Salamanca (2009).

Experiencia

Investigador Marie Curie en la Sveriges lantsbruksuniversitet (SLU), Uppsala, Suecia (2021).

Contratado Juan de la Cierva Incorporación en el Centro Nacional de Biotecnología (CSIC), Madrid (2020).

Investigador postdoctoral en el Centro Nacional de Biotecnología (CSIC), Madrid (2016-2019).

Investigador predoctoral en el Centro de Astrobiología (CSIC-INTA), Madrid (2010-2015).

Javier Tamames de la Huerta

Doctor en Ciencias por la Universidad Autómoma de Madrid.

Licenciado en C.C. Químicas por la Universidad Complutense de Madrid.

Experiencia

Científico Titular CSIC. Desde 2010 dirige el grupo de Análisis de Microbiomas en el Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC), Madrid.

Autor de mas de 70 artículos en el área de la Genómica y Metagenómica.

 

Las sesiones tendrán lugar del 15 al 19 de noviembre de 2021. (Lunes a jueves de 9:00 a 14:00 y de 15:30 a 18:30 horas, viernes de 09:00 a 13:00 horas)

Día 1 (15 de noviembre de 2021) – Javier Tamames de la Huerta

Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación.

Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso)
09:00
Inaguración del curso.

09:10 – 10:00
Diseño experimental: Estimación de la profundidad de secuenciación.

10:00 – 10:30
Breve resumen de SqueezeMeta.

10:30 – 11:30
Diseño experimental: Elección método de análisis (reads vs assembly).

11:30 – 12:00
Pausa.

12:00 – 14:00
Métodos de Binning. Combinación de métodos de Binning.

14:00 – 15:30
Descanso para la comida.
Sesión 2/ 15:30 – 18:30
15:30 – 18:30
Binning avanzado: Depuración de bins.

Día 2 (16 de noviembre de 2021) – Fernando Puente Sánchez

Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso)
09:00 – 11:30
Técnicas avanzadas de análisis Metatranscriptómas. Mapeo a pangenomas. – Javier Tamames de la Huerta.

11:30 – 12:00
Pausa.

12:00 – 14:00
Introducción a R.

14:00 – 15:30
Descanso para la comida.
Sesión 2/ 15:30 – 18:30
15:30 – 17:00
Exploración de datos metagenómicos con SQMtools y anvi`o.

17:00 – 17:30
Escalado de proyectos metagenómicos en clusters de supercomputación.

17:30 – 18:30
Introducción al cluster de computación Caléndula. – Cristina Esteban Blanco.

Día 3 (17 de noviembre de 2021) – Fernando Puente Sánchez

Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso)
09:00 – 12:00
Análisis multivariante.

12:00 – 12:30
Pausa.

12:30 – 14:00
Análisis multivariante (continuación).

14:00 – 15:30
Descanso para la comida.
Sesión 2/ 15:30 – 18:30
15:30 – 18:30
Detección de funciones metabólicas y taxones con abundancia diferencial en conjuntos de metagenomas / metatranscriptómas.

Día 4 (18 de noviembre de 2021) – Fernando Puente Sánchez

Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso)
09:00 – 12:00
Generación y análisis de redes de coabundancia.

12:00 – 12:30
Pausa.

12:30 – 14:00
Generación y análisis de redes de coabundancia (continuación).

14:00 – 15:30
Descanso para la comida.
Sesión 2/ 15:30 – 18:30
15:30 – 18:00
Recuperación y análisis del gen del ARNr 16S a partir de datos metagenómicos.

18:00 – 18:30
Comparación de estrategias para el análisis metagenómico a gran escala.

Día 5 (19 de noviembre de 2021) – Fernando Puente Sánchez

Sesión 1/ 09:00 – 13:00 (30 minutos de descanso)
09:00 – 11:30
Modelado de datos metagenómicos con técnicas de machine learning.

11:30 – 12:00
Pausa.

12:00 – 13:00
Consideraciones finales y preguntas.

13:00
Clausura del curso.

13:15
Visita al Superordenador Caléndula (voluntario) – Cristina Esteban Blanco.