Curso diseño experimental y análisis metagenómico utilizando supercomputación
3ª Edición
1 PLAZA DISPONIBLE
Dirección y coordinación académica
Supercomputación Castilla y León (SCAYLE), Oficina Técnica.
Objetivos
Este curso está destinado a profundizar en los métodos de análisis metagenómico para sacar todo el partido posible de las secuencias.
La primera parte está enfocada en métodos de ensamblaje híbridos, combinando diferentes tipos de secuencias, especialmente secuencias largas y cortas. En a segunda parte se trabajará en profundidad con los resultados de binning, para
poder recuperar con gran precisión genomas muy completos a partir del metagenoma. Se enseña como depurar los bins, como completarlos, y como combinar resultados de diferentes métodos.
La tercera y última parte se centra en el análisis estadístico de los resultados, usando R para obtener asociaciones entre abundancias de taxones/genes/rutas metabólicas y tipos de muestra, por ejemplo condiciones ambientales o parámetros clínicos.
Destinatarios
El curso está dirigido a investigadores interesados en estudios genómicos, a profesionales del sector de las Ciencias Computacionales, Biología y/o Biotecnología relacionados con el diagnóstico genético y a Alumnos Universitarios (titulaciones
técnicas del ámbito experimental y/o económico) de posgrado y, en general, cualquier persona afín a la temática tanto en la dimensión de la investigación, como de la innovación y el desarrollo.
Número de plazas 20
Reconocimiento de créditos ECTS por la Universidad de León
European Credit Transfer and Accumulation System (Sistema Europeo de Transferencia y Acumulación de Créditos) – ECTS: 1,8 creditos.
Asistencia mínima para obtención de certificado de aprovechamiento 80%.
Se realizará prueba de evaluación sobre los cocimientos adquiridos.
Fecha
Del 20 al 24 de noviembre de 2023
Horario
Duración 36 horas
Lunes a jueves de 09:00 a 14:00 y de 15:30 a 18:30 horas.
Viernes de 09:00 a 13:00 horas.
Lugar
Edificio CRAI – TIC, Campus de Vegazana, Universidad de León.
Idioma
Español.
Importe matrícula
Matrícula de 50€. Coste completo del curso de 500€, al que se le ha aplicado un descuento del 90% gracias a la a la Cofinanciación al 90% de la Unión Europea y el Ministerio de Industria, Comercio y Turismo y la Fundación EOI del Gobierno de España, en el marco del Mecanismo de Recuperación y Resiliencia financiado por los fondos Next Generación de la Unión Europea. No obstante, los puntos de vista y las opiniones expresadas son únicamente los del autor o autores y no reflejan necesariamente las de la Unión Europea, el Ministerio de Industria, Comercio y Turismo o la Fundación EOI. Ni la Unión Europea ni la autoridad que concede la subvención pueden ser considerados responsables de los mismos.
Nº de cuenta: ES82 2103 4292 8600 3351 0978.
Inscripción
El plazo de Inscripción finalizará una semana antes del comienzo del curso.
Una vez realizada la inscripción, el alumno dispone de un plazo de 7 días para realizar el ingreso de la cuota del curso y formalizar la matricula, en caso contrario la reserva será anulada.
La adjudicación de las plazas será por riguroso orden de formalización de la matrícula.
Cristina Esteban Blanco
Licenciada en Bioquímica por la Universidad de Oviedo (2012).
Experiencia
Investigadora postdoctoral en el laboratorio de genetica gastrointestinal en el Centro de Investigación Cooperativa en Biociencias, CIC bioGUNE (Actualidad).Investigadora pre y posdoctoral en el Dpto de Mejora Genética Animal en la Univesidad de León (2017-2021).
Técnico de proyecto en en Centro de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE) (2013-2017).
Fernando Puente Sánchez
Licenciado en Biotecnología por la Universidad de Salamanca (2009).
Experiencia
Investigador Marie Curie en la Sveriges lantsbruksuniversitet (SLU), Uppsala, Suecia (2021).Contratado Juan de la Cierva Incorporación en el Centro Nacional de Biotecnología (CSIC), Madrid (2020).
Investigador postdoctoral en el Centro Nacional de Biotecnología (CSIC), Madrid (2016-2019).
Investigador predoctoral en el Centro de Astrobiología (CSIC-INTA), Madrid (2010-2015).
Javier Tamames de la Huerta
Licenciado en C.C. Químicas por la Universidad Complutense de Madrid.
Experiencia
Científico Titular CSIC. Desde 2010 dirige el grupo de Análisis de Microbiomas en el Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC), Madrid.Autor de mas de 70 artículos en el área de la Genómica y Metagenómica.
Las sesiones tendrán lugar del 20 al 24 de noviembre de 2023. (Lunes a jueves de 9:00 a 14:00 y de 15:30 a 18:30 horas, viernes de 09:00 a 13:00 horas)
Día 1 (20 de noviembre de 2023) –
Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación.
Inauguración del Curso.
| Sesión 1/ 90:00 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 Inauguración del Curso – Ruth Alonso Martínez. 09:10 – 10:30 Que es SCAYLE – Ruth Alonso Martínez. 10:30 – 11:30 Entorno Linux en Caléndula – Cristina Esteban Blanco. 10:30 – 11 :30 Diseño experimental: Elección método de análisis (reads vs assembly) – Javier Tamames de la Huerta. 11 :30 – 12:00 Pausa. 12:00 – 14:00 Breve resumen de SqueezeMeta – Javier Tamames de la Huerta. Elección método de análisis (reads vs assembly). Estimación de la profundidad de secuenciación. 14:00 – 15:30 Descanso para la comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:30 |
| 15:30 – 18:30 Métodos de Binning. Combinación de métodos de Binning. Depuración de bin – Javier Tamames de la Huerta. |
Día 2 (21 de noviembre de 2023)
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 – 11:30 Construcción de pangenomas – Fernando Puente Sánchez. 11:30 – 12:00 Pausa. 12:00 – 14:00 Introducción a R – Fernando Puente Sánchez. 14:00 – 15:30 Descanso para la comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:30 |
| 15:30 – 17:00 Exploración de datos metagenómicos con SQMtools y anvi`o – Fernando Puente Sánchez. 17:00 – 16:30 Recursos computacionales y escalado de proyectos. Optimización de recursos en un clúster de supercomputación – Cristina Esteban Blanco. |
Día 3 (22 de noviembre de 2023) – Metagenómica
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 – 12:00 Análisis multivariante – Fernando Puente Sánchez. 12:00 – 12:30 Pausa. 12:30 – 14:00 Detección de funciones metabólicas y taxones con abundancia diferencial en conjuntos de metagenomas / metatranscriptómas – Fernando Puente Sánchez. 14:00 – 15:30 Descanso para la comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:30 |
| 15:30 – 17:00 Detección de funciones metabólicas y taxones con abundancia diferencial en conjuntos de metagenomas / metatranscriptómas (continuación) – Fernando Puente Sánchez. 15:30 – 17:00 Recuperación y análisis del gen del ARNr 1 6S a partir de datos metagenómicos – Fernando Puente Sánchez. |
Día 4 (23 de noviembre de 2024)
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 – 12:00 Generación y análisis de redes de coabundancia – Fernando Puente Sánchez. 12:00 – 12:30 Pausa. 12:30 – 14:00 Generación y análisis de redes de coabundancia (continuación) – Fernando Puente Sánchez. 14:00 – 15:30 Descanso para la comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 17:30 |
| 15:30 – 18:00 Resolución de especie y diversidad intra-específica en análisis metagenómicos) – Fernando Puente Sánchez. 18:00 – 18:30 Comparación de estrategias para el análisis metagenómico a gran escala) – Fernando Puente Sánchez. |
Día 5 (24 de noviembre de 2023)
| Sesión 1/ 09:00 – 14:30 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 – 11 :30 Modelado de datos metagenómicos con técnicas de machine learning – Fernando Puente Sánchez. 11:30 – 12:00 Pausa. 12:00 – 13:00 Consideraciones finales y preguntas – Fernando Puente Sánchez. 13:00 Clausura del curso. 13:15 Visita alSuperordenadorCaléndula (voluntario) – Ruth Alonso Martínez. |
