Curso Ecología de los microbiomas. Metataxonomía mediante el gen ribosomal 16S empleando supercomputación.
Dirección y coordinación académica
Supercomputación Castilla y León (SCAYLE), Oficina Técnica.
Objetivos
Este curso ofrece una formación práctica en análisis metataxonómico utilizando exclusivamente información de secuenciación del gen 16S, combinando Linux, Qiime2 y R para procesar, visualizar y extraer información de datos microbiológicos. La metataxonomía permite una clasificación precisa de comunidades microbianas, y R facilita su análisis con herramientas avanzadas de gráficos y estadística. Con un enfoque aplicado, los participantes optimizarán su flujo de trabajo y mejorarán la interpretación de resultados.
Destinatarios
El curso está dirigido a investigadores interesados en estudios genómicos, a profesionales del sector de las Ciencias Computacionales, Biología y/o Biotecnología relacionados con el diagnóstico genético y a Alumnos Universitarios (titulaciones técnicas del ámbito experimental y/o económico) de posgrado y, en general, cualquier persona afín a la temática tanto en la dimensión de la investigación, como de la innovación y el desarrollo.
Número de plazas 20
Reconocimiento de créditos ECTS por la Universidad de León
European Credit Transfer and Accumulation System (Sistema Europeo de Transferencia y Acumulación de Créditos) – ECTS: 1,8 creditos.
Asistencia mínima para obtención de certificado de aprovechamiento 80%.
Se realizará prueba de evaluación sobre los cocimientos adquiridos.
Fecha
Del 19 al 23 de mayo de 2025
Duración 36 horas
Horario
• Lunes a jueves de 08:30 a 14:00 y de 15:30 a 18:30 horas.
• Viernes de 08:30 a 14:30 horas.
Lugar
Edificio CRAI – TIC, Campus de Vegazana, Universidad de León.
Idioma
Español.
Importe matrícula
Matrícula de 225€. Coste completo del curso de 450€, al que se le ha aplicado un descuento del 50% gracias a la a la Cofinanciación al 50% de la Unión Europea y el Ministerio de Industria, Comercio y Turismo y la Fundación EOI del Gobierno de España, en el marco del Mecanismo de Recuperación y Resiliencia financiado por los fondos Next Generación de la Unión Europea. No obstante, los puntos de vista y las opiniones expresadas son únicamente los del autor o autores y no reflejan necesariamente las de la Unión Europea, el Ministerio de Industria, Comercio y Turismo o la Fundación EOI. Ni la Unión Europea ni la autoridad que concede la subvención pueden ser considerados responsables de los mismos.
Nº de cuenta: ES82 2103 4292 8600 3351 0978.
Tras la finalización del curso, SCAYLE ofrece acceso gratuito a recursos HPC a los inscritos durante el mes siguiente a la finalización del mismo, gracias a la financiación del Proyecto DIGIS3, vinculado a la cumplimentación y firma de la documentación completa asociada a los test DMA (Digital Maturity Assessment). Quedan exentas las entidades asociadas al DIGIS3.
Inscripción
El plazo de Inscripción finalizará una semana antes del comienzo del curso.
Una vez realizada la inscripción, el alumno dispone de un plazo de 7 días para realizar el ingreso de la cuota del curso y formalizar la matricula, en caso contrario la reserva será anulada.
La adjudicación de las plazas será por riguroso orden de formalización de la matrícula.
Cristina Esteban Blanco
Licenciada en Bioquímica por la Universidad de Oviedo (2012).
Experiencia
Investigadora postdoctoral en el laboratorio de genetica gastrointestinal en el Centro de Investigación Cooperativa en Biociencias, CIC bioGUNE (Actualidad).Investigadora pre y posdoctoral en el Dpto de Mejora Genética Animal en la Univesidad de León (2017-2021).
Técnico de proyecto en en Centro de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE) (2013-2017).
Giuseppe D'Auria
Las sesiones tendrán lugar del 19 al 23 de mayo de 2024. (Lunes a jueves de 09:00 a 14:00 y de 15:30 a 18:30 horas, viernes de 09:00 a 14:00 horas)
19 de mayo de 2025 – Introducción a Linux y acceso a Caléndula (superordenador). Cristina Esteban Blanco)
Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación.
Inauguración del Curso.
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 |
| 09:00 – 09:30 Presentación del curso y objetivos. 9:30 – 11:00: Teoría: Introducción a Linux (comandos básicos, estructura de archivos, permisos, editores de texto). 11:00 – 11:30: Descanso (café) 11:30 – 13:00: Práctica: Ejercicios básicos de Linux (navegación, creación/edición de archivos, scripts simples). 13:00 – 14:00: Teoría: Introducción a Calendula (qué es, cómo acceder, configuración del entorno). 14:00 – 15:30 Descanso para la comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:30 |
| 15:30 – 17:00: Práctica: Conexión a Calendula, configuración del entorno y ejecución de comandos básicos. 17:00 – 18:30: Práctica: Ejercicios avanzados en Linux (manejo de jobs, envío de trabajos a Calendula). |
20 de mayo de 2025 – Introducción a R y control de calidad de secuencias. Cristina Esteban Blanco
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 |
| 9:00 – 10:30: Teoría: Introducción a R (instalación, paquetes, estructuras de datos, funciones básicas). 10:30 – 11:00: Descanso (café) 11:00 – 12:30: Práctica: Ejercicios básicos en R (manipulación de datos, gráficos simples). 12:30 – 14:00: Teoría: Control de calidad de secuencias (qué es, herramientas, parámetros de calidad). 14:00 – 15:30: Descanso (comida). |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:30 |
| 15:30 – 17:00: Práctica: Control de calidad con herramientas como FastQC y MultiQC. 17:00 – 18:30: Práctica: Trimming de las secuencias. |
21 de mayo de 2025 – Qiime2 y análisis inicial. Giuseppe D’Auria.
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 Phyloseq, Mixomics y DESeq2 Giuseppe D´Auria |
| 9:00 – 10:30: Práctica: Phyloseq (manejo de datos, gráficos básicos, diversidad alfa/beta). 10:30 – 11:00: Descanso (café) 11:00 – 12:30: Práctica: Visualización de diversidad alfa/beta en Phyloseq. 12:30 – 14:00: Práctica: Ejercitaciones. 14:00 – 15:30: Descanso (comida). 15:30 – 16:30: Práctica: Análisis de abundancia diferencial con DESeq2. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:30 Giuseppe D´Auria |
| 16:30 – 17:30: Práctica: Análisis de taxones diferenciales con Mixomics. 17:30 – 18:30: Práctica: Ejercitaciones. |
22 de mayo de 2025 – Phyloseq, Mixomics y DESeq2. Giuseppe D’Auria.
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00-10:00 Análisis Metagenómico: Fundamentos y métodos para el análisis de metagenomas. 10:00-11:00 Introducción al análisis estadístico de datos ómicos. 11:00-11:30 Pausa. 11:30-14:00 Clases Prácticas: Análisis de los datos resultantes de la secuenciación. 14:00-15:30 Pausa comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:30 |
| 15:30 – 18:30 Clases Prácticas: Análisis de los datos resultantes de la secuenciación. |
23 de mayo de 2025 – Visualización y representación gráfica. Giuseppe D’Auria.
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 Visualización y representación gráfica |
| 9:00 – 10:30: Práctica: Creación de gráficos avanzados en R (heatmaps, biplots, árboles taxonómicos). 10:30 – 11:00: Descanso (café). 11:00 – 12:30: Práctica: General HandsON. 12:30 – 13:00: Cierre del curso, preguntas y feedback. |
