Curso integral práctico: desde la extracción del DNA y secuenciación, hasta el análisis metagenómico empleado Supercomputación
Curso completo. Si se registra entrará en la reserva de la próxima edición del curso.
Dirección y coordinación académica
Supercomputación Castilla y León (SCAYLE), Oficina Técnica.
Objetivos
El curso proporciona la formación necesaria para la secuenciación y el análisis de datos procedentes de técnicas de secuenciación por nanoporos utilizando la tecnología Oxford Nanopore, enfocándose particularmente en su aplicación al estudio metagenómico de muestras de diversos ambientes.
Se informará de como extraer ADN de una muestra y como realizar la secuenciación en un equipo ONT. Los participantes aprenderán a emplear la supercomputación en la recopilación, ensamblado y análisis de fragmentos de ADN secuenciados, llegándose al análisis completo de muestra aportada, incluyendo la determinación de los taxones y genes presentes, y su abundancia. Asimismo, se proporcionará conocimiento sobre las técnicas estadísticas más adecuadas para la comparación de los datos resultantes del análisis.
Destinatarios
El curso está dirigido a investigadores interesados en estudios genómicos, profesionales del sector de las Ciencias Computacionales, Biología y Biotecnología, así como a alumnos universitarios (titulaciones técnicas del ámbito experimental y económico) de posgrado. También es adecuado para cualquier persona afín a la temática en investigación, innovación y desarrollo.
Recomendaciones
Se aconseja contar con una experiencia mínima en laboratorio para participar en la actividad.
Se solicita a los alumnos que traigan su muestra de ADN. En caso de no disponer de ella, deberán comunicarlo con antelación para que se les pueda proporcionar una muestra desde SCAYLE.
Se suguiere a los alumnos que traigan una bata de laboratorio
Número de plazas 10
Reconocimiento de créditos ECTS por la Universidad de León
European Credit Transfer and Accumulation System (Sistema Europeo de Transferencia y Acumulación de Créditos) – ECTS: 1,8 creditos.
Asistencia mínima para obtención de certificado de aprovechamiento 80%.
Se realizará prueba de evaluación sobre los cocimientos adquiridos.
Fecha
Del 28 al 30 de octubre de 2024
Duración 22,5 horas
Horario
De 09:00 a 14:00 y de 15:30 a 18:30 horas.
Lugar
Edificio CRAI – TIC, Campus de Vegazana, Universidad de León.
Idioma
Español.
Importe matrícula
Matrícula de 400€. Coste completo del curso de 800€, al que se le ha aplicado un descuento del 50% gracias a la a la Cofinanciación al 50% de la Unión Europea y el Ministerio de Industria, Comercio y Turismo y la Fundación EOI del Gobierno de España, en el marco del Mecanismo de Recuperación y Resiliencia financiado por los fondos Next Generación de la Unión Europea. No obstante, los puntos de vista y las opiniones expresadas son únicamente los del autor o autores y no reflejan necesariamente las de la Unión Europea, el Ministerio de Industria, Comercio y Turismo o la Fundación EOI. Ni la Unión Europea ni la autoridad que concede la subvención pueden ser considerados responsables de los mismos.
Nº de cuenta: ES82 2103 4292 8600 3351 0978.
Tras la finalización del curso, SCAYLE ofrece acceso gratuito a recursos HPC a los inscritos durante el mes siguiente a la finalización del mismo, gracias a la financiación del Proyecto DIGIS3, vinculado a la cumplimentación y firma de la documentación completa asociada a los test DMA (Digital Maturity Assessment). Quedan exentas las entidades asociadas al DIGIS3.
Inscripción
El plazo de Inscripción finalizará una semana antes del comienzo del curso.
Una vez realizada la inscripción, el alumno dispone de un plazo de 7 días para realizar el ingreso de la cuota del curso y formalizar la matricula, en caso contrario la reserva será anulada.
La adjudicación de las plazas será por riguroso orden de formalización de la matrícula.
Cristina Esteban Blanco
Licenciada en Bioquímica por la Universidad de Oviedo (2012).
Experiencia
Investigadora postdoctoral en el laboratorio de genetica gastrointestinal en el Centro de Investigación Cooperativa en Biociencias, CIC bioGUNE (Actualidad).Investigadora pre y posdoctoral en el Dpto de Mejora Genética Animal en la Univesidad de León (2017-2021).
Técnico de proyecto en en Centro de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE) (2013-2017).
Fernando Puente Sánchez
Javier Tamames de la Huerta
Licenciado en C.C. Químicas por la Universidad Complutense de Madrid.
Experiencia
Científico Titular CSIC. Desde 2010 dirige el grupo de Análisis de Microbiomas en el Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC), Madrid.Autor de mas de 70 artículos en el área de la Genómica y Metagenómica.
Las sesiones tendrán lugar del 30 de septiembre al 4 de octubre de 2024. (Lunes a jueves de 08:30 a 14:00 y de 15:30 a 18:30 horas, viernes de 08:30 a 14:30 horas)
Día 1 (28 de octubre de 2024)
Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación.
Inauguración del Curso.
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 Inauguración del Curso – Ruth Alonso Martínez. 09:10 – 09:30 Que es SCAYLE – Ruth Alonso Martínez. 09:30 – 11:00 Introducción a técnicas de extracción de ADN, fundamentos de metagenómica, y conceptos de barcoding. 11:00 – 11:30 Pausa. 11:30 – 14:00 Clases Prácticas: Revisión del instrumental. Extracción de ADN; cuantificación con Qubit. 14:00 – 15:30 Descanso para la comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:30 |
| 15:30 – 18:30 Introducción a la secuenciación por nanoporos. Kit específico y carga de la Flowcell. |
Día 2 (29 de octubre de 2024)
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00 – 11:00 Teoría de Secuenciación y basecalling: Fundamentos de la secuenciación con Oxford Nanopore, comparación entre long reads y tecnologías Illumina. Paralelización y utilización de GPUs. 11:00 – 11:30 Pausa. 11:30 – 12:00 Práctica de Carga de Flowcell: Ejecución práctica de la carga de flowcell por parte de los alumnos. 12:00-12:30 Introducción a Caléndula. 12:30-14:00 Introducción al Análisis Bioinformático: Fundamentos del análisis de datos metagenómicos. 14:00-15:30 Pausa comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:30 |
| 15:30 – 18:30 Análisis Inicial de Datos: Técnicas y herramientas básicas para el análisis de datos secuenciados. |
Día 3 (30 de octubre de 2024)
| Sesión 1/ 09:00 – 14:00 (30 minutos de descanso) |
| 09:00-10:00 Análisis Metagenómico: Fundamentos y métodos para el análisis de metagenomas. 10:00-11:00 Introducción al análisis estadístico de datos ómicos. 11:00-11:30 Pausa. 11:30-14:00 Clases Prácticas: Análisis de los datos resultantes de la secuenciación. 14:00-15:30 Pausa comida. |
| Sesión 2/ 15:30 – 18:30 |
| 15:30 – 18:30 Clases Prácticas: Análisis de los datos resultantes de la secuenciación. |
