Curso práctico de metagenómica y diversidad microbiana utilizando supercomputación
2ª Edición

Información
Profesorado
Contenido

Dirección y coordinación académica 

Supercomputación Castilla y León (SCAYLE), Oficina Técnica.

Objetivos

Se proporciona la formación necesaria para el análisis de datos procedentes de técnicas de Next Generation Sequencing, centrada particularmente en su aplicación al estudio metagenómico de muestras de diversos ambientes y emplear la supercomputación en la recopilación y ensamblado de los fragmentos de ADN secuenciados, así como su posterior anotación y análisis.

 

Destinatarios

El curso está dirigido a investigadores interesados en estudios genómicos, a profesionales del sector de las Ciencias Computacionales, Biología y/o Biotecnología relacionados con el diagnóstico genético y a Alumnos Universitarios (titulaciones técnicas del ámbito experimental y/o económico) de posgrado y, en general, cualquier persona afín a la temática tanto en la dimensión de la investigación, como de la innovación y el
desarrollo.

Número de plazas 20

Reconocimiento de créditos ECTS por la Universidad de León

European Credit Transfer and Accumulation System (Sistema Europeo de Transferencia y Acumulación de Créditos) – ECTS: 1,8 creditos.

Asistencia mínima para obtención de certificado de aprovechamiento 80%.

Se realizará prueba de evaluación sobre los cocimientos adquiridos.

Fecha

Del 13 al 17 de diciembre de 2021

Duración 40 horas

Horario

Lunes a jueves de 08:30 a 14:00 y de 15:30 a 18:30 horas.
Viernes de 08:30 a 14:30 horas.

Lugar

Edificio CRAI – TIC, Campus de Vegazana, Universidad de León.

Idioma

Español.

Importe matrícula

400 €/curso.
Nº de cuenta: ES82 2103 4292 8600 3351 0978. 

Inscripción

El plazo de Inscripción finalizará una semana antes del comienzo del curso.

Una vez realizada la inscripción, el alumno dispone de un plazo de 7 días para realizar el ingreso de la cuota del curso y formalizar la matricula, en caso contrario la reserva será anulada.

La adjudicación de las plazas será por riguroso orden de formalización de la matrícula.

 

Cristina Esteban Blanco

Doctora en Ciencias veterinarias y de los alimentos por la Universidad de León (2020).

Licenciada en Bioquímica por la Universidad de Oviedo (2012).

Experiencia

Investigadora postdoctoral en el laboratorio de genetica gastrointestinal en el Centro de Investigación Cooperativa en Biociencias, CIC bioGUNE (Actualidad).

Investigadora pre y posdoctoral en el Dpto de Mejora Genética Animal en la Univesidad de León (2017-2021).

Técnico de proyecto en en Centro de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE) (2013-2017).

Giuseppe D'Auria

Investigador Principal de Bioinformática, Servicio de Secuenciación y Bioinformatica de la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (Fisabio).

Javier Tamames de la Huerta

Doctor en Ciencias por la Universidad Autómoma de Madrid.

Licenciado en C.C. Químicas por la Universidad Complutense de Madrid.

Experiencia

Científico Titular CSIC. Desde 2010 dirige el grupo de Análisis de Microbiomas en el Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC), Madrid.

Autor de mas de 70 artículos en el área de la Genómica y Metagenómica.

Las sesiones tendrán lugar del 13 al 17 de diciembre de 2021. (Lunes a jueves de 08:30 a 14:00 y de 15:30 a 18:30 horas, viernes de 08:30 a 14:30 horas)

Día 1 (13 de diciembre de 2021) – Seminario de Introducción al uso de la supercomputación aplicado a la Bioinformática

Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación.

Inauguración del Curso.

Sesión 1/ 08:30 – 14:00 (20 minutos de descanso)
08:30 – 10:00
Introducción al entorno Linux – Cristina Esteban Blanco.
Acceso remoto a Caléndula.
Carpetas y ficheros.

11:00 – 11:20
Pausa.

11:20 – 14:00
Introducción al entorno Linux (continuación) – Cristina Esteban Blanco.
Permisos.
Comandos básicos.

14:00 – 15:30
Descanso para la comida.
Sesión 2/ 15:30 – 18:30
15:30 – 18:30
Introducción al entorno Linux (continuación) – Cristina Esteban Blanco.
Prácticas sobre Caléndula.

Día 2 (14 de diceimbre de 2021) – Análisis de diversidad

Sesión 1/ 08:30 – 14:00 (30 minutos de descanso)
08:30 – 10:00
Control de calidad de las secuencias – Giuseppe D’Auria.

10:00 – 10:30
Introducción a la metataxonomía – Giuseppe D’Auria.

10:30 – 11 :00
Pausa.

11:00 – 12:00
Introducción a QIIME2 – Giuseppe D’Auria.

12:00 – 14:00
Estimación de abundancia – Giuseppe D’Auria.

14:00 – 15:30
Descanso para la comida.
Sesión 2/ 15:30 – 18:30
15:30 – 18:30
Análisis de datos de taxonomicos (1 ) – Giuseppe D’Auria.

Día 3 (15 de diciembre de 2021) – Metagenómica

Sesión 1/ 08:30 – 14:00 (30 minutos de descanso)
08:30 – 10:30
Análisis de datos de taxonomicos (2) – Giuseppe D’Auria.

10:30 – 11:00
Pausa.

11:00 – 12:00
Introducción a la plataforma de análisis de metagenomas – Javier Tamames de la Huerta.

12:00 – 12:30
Como decidir que método de análisis seguir – Javier Tamames de la Huerta.

12:30 – 14:00
Ensamblaje y coensamblaje de metagenomas – Javier Tamames de la Huerta.

14:00 – 15:30
Descanso para la comida.
Sesión 2/ 15:30 – 18:30
15:30 – 16:30
Predicción de genes y búsqueda de homologías – Javier Tamames de la Huerta.

16:30 – 17:30
Asignación funcional y taxonómica – Javier Tamames de la Huerta.

17:30 – 18:00
Mapeo de lecturas sobre contigs para estimar abundancias – Javier Tamames de la Huerta

18:00 – 18:30
Finalización del primer análisis metagenómico – Javier Tamames de la Huerta.

Día 4 (16 de diciembre de 2021) – Metagenómica (continuación)

Sesión 1/ 08:30 – 14:00 (30 minutos de descanso)
08:30 – 11:00
Binning: obtención de MAGs (Metagenomic Associated Genomes, genomas individulaes) – Javier Tamames de la Huerta.

11:00 – 11:30
Pausa.

11:30 – 12:30
Binning: Validación y refinado – Javier Tamames de la Huerta.

12:30 – 14:00
Completando el análisis: predicción por homología y uso de otras bases de datos – Javier Tamames de la Huerta.

14:00 – 15:30
Descanso para la comida.
Sesión 2/ 15:30 – 17:30
15:30 – 17:30
Metatranscriptómica: Combinar series de DNA y RNA. Uso del modo merge para obtener expresión de genes
ausentes en el metagenoma – Javier Tamames de la Huerta.

15:30 – 17:30
Herramientas auxiliares – Javier Tamames de la Huerta.

Día 5 (17 de noviembre de 2021) – Metatranscriptómica (RNASeq)

Sesión 1/ 08:30 – 14:30 (30 minutos de descanso)
08:30 – 11:00
Otros modos de análisis: prescindiendo del ensamblaje – Javier Tamames de la Huerta.

11:00 – 11:30
Pausa.

11:30 – 12:00
Herramientas auxiliares: Análisis de genomas – Javier Tamames de la Huerta.

12:00 – 13:30
Introducción a SQMTools para análisis estadístico de los resultados – Javier Tamames de la Huerta.

13:30 – 14:15
Consideraciones finales y preguntas – Javier Tamames de la Huerta.

14:15 – 14:30
Clausura del curso.