Sistema de ficheros

Los usuarios de los sistemas de cálculo HPC de SCAYLE disponen de dos sistemas de ficheros predefinidos para realizar su trabajo.
Cada usuario del sistema tiene acceso a los directorios $HOME, $SOFT y $SCRATCH. Estos directorios están almacenados en los sistemas de almacenamiento de SCAYLE y están diseñados para permitir un acceso de alto rendimiento a los datos y programas desde los nodos de cálculo en la ejecución de programas paralelos.

Este directorio es el directorio de trabajo inicial cuando el usuario inicia sesión en el sistema. La ruta absoluta de acceso es /home/grupo_del_usuario/usuario. Es de acceso privado para el usuario, es decir, ningún otro usuario podrá acceder a la información contenida en él. Todos los nodos de cálculo y los equipos que sirven para iniciar sesión (frontends) tienen acceso a él.
Para volver a este directorio desde cualquier punto del sistema de ficheros el usuario puede ejecutar cualquiera de los siguientes comandos:

 frontend$ cd 
 frontend$ cd ~ 
 frontend$ cd $HOME

Para los proyectos que hayan solicitado varias cuentas de usuario, existe un recurso adicional accesible mediante la variable de entorno $HOME_GROUP que permite que todos esos usuarios accedan a información compartida por el proyecto.

La estructura de los directorios del grupo y de los usuarios del grupo es:

 /home 
    /grupo
         /COMUNES ($HOME_GROUP) 
         /usuario1 ($HOME) 
         /usuario2 ($HOME) 
         ... 
         /usuarioN ($HOME)

Esta variable de entorno corresponde con la ruta absoluta /soft. Dentro de este directorio están instalados los programas de los que disponen los usuarios para su trabajo. Un ejemplo de su contenido es:

 $ ls -la /soft 
 total 132 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 nov 20 11:08 bedtools
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 oct 21 12:27 boost_c++ 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 oct 21 11:49 bowtie2 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 oct 22 17:37 cmake 
 drwxr-xr-x 3 usuario grupo 4096 abr 18 2013 COMPSs 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 nov 5 14:38 cufflinks 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 nov 21 17:25 emboss
 drwxr-xr-x 5 usuario grupo 4096 oct 17 18:53 gcc 
 drwxr-xr-x 16 usuario grupo 4096 may 20 2013 gipsy 
 drwxr-xr-x 9 usuario grupo 4096 sep 10 13:25 intel 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 sep 9 12:37 joe 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 nov 6 10:09 microbiomeutil 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 oct 30 10:19 mira 
 drwxrwxr-x 6 usuario grupo 4096 sep 16 13:34 Modules 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 oct 29 14:48 mpiBlast 
 drwxrwxr-x 11 usuario grupo 4096 oct 24 13:34 OpenFOAM 
 drwxrwxr-x 6 usuario grupo 4096 oct 22 13:00 openmpi

Dentro del directorio de un programa existen uno o más directorios con las distintas versiones del programa, por ejemplo:

 [usuario@frontend1 ~]$ cd /soft/openmpi/; ll 
 total 16 
 drwxr-xr-x 7 usuario grupo 4096 oct 22 12:53 1.4.2 
 drwxr-xr-x 7 usuario grupo 4096 oct 17 19:12 1.6 
 drwxr-xr-x 7 usuario grupo 4096 oct 17 16:24 1.6.5 
 drwxrwx--- 2 usuario grupo 4096 oct 22 12:57 sources

dentro del directorio del software OpenMPI están instaladas tres versiones distintas 1.4.2, 1.6 y 1.6.5

$SCRATCH es el directorio de trabajo para los usuarios. Tiene la misma estructura de directorios que $HOME. Todos los archivos de entrada y salida de las ejecuciones de trabajos deben ir aquí. Es responsabilidad del usuario eliminar los archivos una vez finalizada su ejecución. No existen cuotas de disco en $SCRATCH pero, para evitar el abuso, un proceso automático podrá eliminar todo archivo que no haya sido accedido por más de 45 días .

En resumen:

Esta ruta de trabajo debe ser el lugar de almacenamiento para guardar ficheros grandes como datos de entrada y salida de los cálculos.
No se realizará ninguna copia de seguridad de los datos almacenados en $SCRATCH.
IMPORTANTE: No instale ningún software (ejecutables, scripts, scripts de envio de trabajos, etc.) en esta ruta ya que puede ser borrado.