Sistema de ficheros

Los usuarios de los sistemas de cálculo HPC de SCAYLE disponen de dos sistemas de ficheros predefinidos para realizar su trabajo (frontend11-frontend12). Cada usuario del sistema tiene acceso a los directorios $HOME, $SOFT y $SCRATCH.

Estos directorios están almacenados en los sistemas de almacenamiento de SCAYLE y están diseñados para permitir un acceso de alto rendimiento a los datos y programas desde los nodos de cálculo en la ejecución de programas paralelos.


Cuando el usuario inicia sesión en el sistema es redirigido a su directorio de trabajo inicial $HOME. La ruta absoluta de acceso es /home/grupo_del_usuario/usuario.
Es de acceso privado para el usuario, es decir, ningún otro usuario podrá acceder a la información contenida dentro del directorio. Cada usuario va a tener disponibles 50GB en $HOME y podrá almacenar máximo 10,000 inodos. Todos los nodos de cálculo y los equipos que sirven para iniciar sesión (frontend) tienen acceso a dicho directorio.

Para volver a este directorio desde cualquier punto del sistema de ficheros el usuario puede ejecutar cualquiera de los siguientes comandos:

 frontend$ cd 
 frontend$ cd ~ 
 frontend$ cd $HOME

Para los proyectos que hayan solicitado varias cuentas de usuario, existe un recurso adicional accesible mediante la variable de entorno $HOME_GROUP que permite que todos esos usuarios accedan a información compartida por el proyecto.

La estructura de los directorios del grupo y de los usuarios del grupo es:

 /home 
    /grupo
         /COMUNES ($HOME_GROUP) 
         /usuario1 ($HOME) 
         /usuario2 ($HOME) 
         ... 
         /usuarioN ($HOME)


Esta variable de entorno corresponde con la ruta absoluta /soft. Dentro de este directorio están instalados los programas de los que disponen los usuarios para su trabajo.

Un ejemplo de su contenido es:

 $ ls -la /soft 
 total 132 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 nov 20 11:08 bedtools
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 oct 21 12:27 boost_c++ 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 oct 21 11:49 bowtie2 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 oct 22 17:37 cmake 
 drwxr-xr-x 3 usuario grupo 4096 abr 18 2013 COMPSs 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 nov 5 14:38 cufflinks 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 nov 21 17:25 emboss
 drwxr-xr-x 5 usuario grupo 4096 oct 17 18:53 gcc 
 drwxr-xr-x 16 usuario grupo 4096 may 20 2013 gipsy 
 drwxr-xr-x 9 usuario grupo 4096 sep 10 13:25 intel 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 sep 9 12:37 joe 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 nov 6 10:09 microbiomeutil 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 oct 30 10:19 mira 
 drwxrwxr-x 6 usuario grupo 4096 sep 16 13:34 Modules 
 drwxr-xr-x 4 usuario grupo 4096 oct 29 14:48 mpiBlast 
 drwxrwxr-x 11 usuario grupo 4096 oct 24 13:34 OpenFOAM 
 drwxrwxr-x 6 usuario grupo 4096 oct 22 13:00 openmpi

Dentro del directorio de un programa existen uno o más directorios con las distintas versiones del programa, por ejemplo:

 [usuario@frontend1 ~]$ cd /soft/openmpi/; ll 
 total 16 
 drwxr-xr-x 7 usuario grupo 4096 oct 22 12:53 1.4.2 
 drwxr-xr-x 7 usuario grupo 4096 oct 17 19:12 1.6 
 drwxr-xr-x 7 usuario grupo 4096 oct 17 16:24 1.6.5 
 drwxrwx--- 2 usuario grupo 4096 oct 22 12:57 sources

Dentro del directorio del software OpenMPI están instaladas tres versiones distintas 1.4.2, 1.6 y 1.6.5


Esta ruta de trabajo debe ser el lugar de almacenamiento para guardar ficheros grandes como datos de entrada y salida de los cálculos. No se realizará ninguna copia de seguridad de los datos almacenados en $SCRATCH.

Tiene la misma estructura de directorios que $HOME, pero con las siguientes características:

  • Todos los archivos de entrada y salida de las ejecuciones de trabajos deben ir aquí.
  • Es responsabilidad del usuario eliminar los archivos una vez finalizada su ejecución.
  • No existen cuotas de disco en $SCRATCH pero, para evitar el abuso, un proceso automático podrá eliminar todo archivo que no haya sido accedido por más de 45 días.

IMPORTANTE: No instale ningún software (ejecutables, scripts, scripts de envio de trabajos, etc.) en esta ruta ya que puede ser borrado.


Última actualización: 06/02/2025 13:09