BEAGLE es una biblioteca de alto rendimiento que puede realizar los cálculos centrales en el corazón de la mayoría de los paquetes filogenéticos Bayesianos y de Máxima Probabilidad.
Puede hacer uso de procesadores altamente paralelos como los de las tarjetas gráficas (GPUs) que se encuentran en muchos PCs. Esto permite que estos paquetes hagan uso de implementaciones que hacen uso de hardware optimizado como unidades de procesamiento gráfico.