Bowtie es un alineador de lectura corta ultra-rápido y eficiente para la memoria, orientado a alinear rápidamente grandes conjuntos de secuencias cortas de ADN (lecturas) a grandes genomas. Alinea 35 pares de lecturas al genoma humano a un ritmo de 25 millones de lecturas por hora en una estación de trabajo típica. Bowtie indexa el genoma con un índice [Burrows-Wheeler] para mantener su huella de memoria pequeña: para el genoma humano, el índice es típicamente cerca de 2.2 GB (para la alineación no emparejada) o 2.9 GB (para la alineación del extremo del par o del espacio de color). Se pueden utilizar varios procesadores simultáneamente para lograr una mayor velocidad de alineación.