Bowtie 2 es una herramienta para alinear las lecturas de secuenciación con secuencias de referencia largas.
Es especialmente adecuado para alinear lecturas de aproximadamente 50 hasta 100 o 1,000 caracteres y para alinear genomas relativamente largos (por ejemplo, mamíferos).
Bowtie2 soporta los modos de alineación gapped, local y paired-end. Se pueden utilizar varios procesadores simultáneamente para lograr una mayor velocidad de alineación.