Kallisto es un programa para cuantificar las abundancias de transcripciones de RNA-Seq por volumen de datos o monocelulares, o más generalmente de secuencias objetivo utilizando lecturas de secuencias de alto rendimiento. Se basa en la novedosa idea de la seudoalineación para determinar rápidamente la compatibilidad de las lecturas con los objetivos, sin necesidad de alineación.