NAMD es un código de dinámica molecular paralelo diseñado para la simulación de alto rendimiento de grandes sistemas biomoleculares.
Basado en objetos paralelos Charm++, NAMD se adapta a cientos de núcleos para simulaciones típicas y más de 500.000 núcleos para las simulaciones más grandes.
NAMD utiliza el popular programa de gráficos moleculares VMD para la configuración de la simulación y el análisis de trayectoria, pero también es compatible con archivos AMBER, CHARMM y X-PLOR.