Deduce e investiga historias evolutivas reticulares. PhyloNet se basa en un método bayesiano que toma muestras de la parte posterior de las redes filogenéticas y sus parámetros asociados a partir de datos bialélicos.
Ayuda a los usuarios a investigar grandes conjuntos de datos, así como a estudiar el rendimiento de los métodos de reconstrucción de redes evolutivas. Esta herramienta permite una representación compacta de las redes evolutivas.
También incluye un método para la coestimación de árboles genéticos y de especies a partir de datos de secuencias de múltiples loci no vinculados.