Salmon es una herramienta para la cuantificación de transcripciones rápidas de datos de RNA-seq. Requiere un conjunto de transcripciones objetivo (ya sea de un conjunto de referencia o de-novo) para cuantificar. Todo lo que necesita para ejecutar Salmon es un archivo FASTA que contiene sus transcripciones de referencia y un (conjunto de) archivo(s) FASTA/FASTQ que contiene sus lecturas. Opcionalmente, Salmon puede hacer uso de alineaciones precomputadas (en forma de un archivo SAM/BAM) a las transcripciones en lugar de las lecturas en bruto.