Subread

Subread package: alineación de lectura de alto rendimiento, cuantificación y descubrimiento de mutaciones.
El paquete Subread comprende un conjunto de programas de software para el procesamiento de datos de lectura de secuencias de próxima generación, incluyendo:

• Subread: un alineador de lectura de propósito general que puede alinear tanto las lecturas genómicas de DNA-seq como las de RNA-seq. También se puede utilizar para descubrir mutaciones genómicas, incluidos los indelebles cortos y las variantes estructurales.
• Subjun: un alineador de lectura desarrollado para alinear lecturas de RNA-seq y para la detección de uniones exón-exón. Los eventos de fusión de genes pueden ser detectados también.
• featureCounts: un programa de software desarrollado para contar lecturas a características genómicas como genes, exones, promotores y contenedores genómicos.
• Sublong: un alineador de lectura larga que está diseñado en base a semilla-y-voto.
• exactSNP: un llamador de SNP que descubre los SNPs probando las señales contra los ruidos de fondo locales.