Trimmomatic realiza una variedad de tareas de recorte para Illumina paired-end y datos de un solo extremo. Es una herramienta de preprocesamiento de pares optimizada para los datos de secuenciación de próxima generación (NGS) de Illumina.
El software incluye varios pasos de procesamiento para el recorte y filtrado de la lectura. Utiliza una arquitectura basada en tuberías que permite aplicar "pasos" individuales (eliminación de adaptadores, filtrado de calidad, etc.) a cada par de lectura/lectura, en el orden especificado por el usuario.