Trinity combina tres módulos de software independientes: Inchworm, Chrysalis, y Butterfly, aplicados secuencialmente para procesar grandes volúmenes de lecturas de RNA-Seq. Trinity divide los datos de la secuencia en muchos gráficos individuales de Bruijn, cada uno de los cuales representa la complejidad transcripcional en un gen o locus determinado, y luego procesa cada gráfico de forma independiente para extraer isoformas de empalme de longitud completa y para separar las transcripciones derivadas de los genes paralógicos.